Narodil sa 20.mája 1850 v meštianskej rodine . Jeho otec Giovanni Battista Lanfranconi pracoval ako inžinier na výstavbe železníc v Rakúsko-Uhorsku ( dráhy Semmering, uhorské západné dráhy a severné dráhy). Enea študoval v Miláne, v roku 1867 sa so svojimi rodičmi prisťahoval do Prešporku a tu žil až do roku 1870.
Zaoberal sa najmä reguláciou Dunaja (medzi Devínom a Gönyű). Sám zaplatil zmapovanie toku Dunaja od územia Prešporka po dnešné Rumunsko a zostavil jeho hydrologickú mapu.
Bol zástancom vodného spojenia Dunaja s Rýnom, Odrou a Labem. Na túto tému písal i teoretické práce. Na kongrese geografov v Benátkach získal prvú cenu.
Od roku 1881 desať rokov pripravoval projekty na reguláciu Dunaja. Zahrňovali 80 kilometrov upraveného toku, viac ako tri a pol milióna kubických metrov kameňa do spevnených brehov a hrádzí. S reguláciou rieky sa začalo v roku 1891, v roku 1896 sa projekt považoval za hotový. V tomto období vznikli v Bratislave základy neskoršieho nábrežia. Zvýšili sa brehy a obložili ich kameňom, ktorý pochádzal z jeho kameňolomov v Devíne a Maďarsku (zdedil ich po otcovi). Prvý krát použil samočinnú nakladaciu rampu, ktorú vynašiel . Tento vynález vzbudil veľkú pozornosť a Lanfranconi si ho nechal patentovať vo väčšine európskych štátov a v Amerike. .
Bol tiež filantropom. Bol zakladajúcim členom Spolku maďarských dejín a zaoberal sa archeológiou. Snažil sa nájsť hrob kráľa Arpáda a argumentoval, že bol pochovaný na Tureckom kopci u obce Bad Deutsch-Altenburg.Bol zberateľom umenia, najmä kníh.
Viac ako 2 000 zväzkov, najmä z 15. až 18. storočia, ktoré boli získané pri dražbách jeho pozostalosti sú dnes v v maďarskej štátnej knihovni. Okrem kníh tam bolo okolo 300 obrazov talianskych, francúzskych, španielskych, holandských, flámskych a nemeckých majstrov. Dôležité miesto prináležalo kolekcii grafík (mal ucelenú zbierku grafík viažucich sa k Prešporku a k jej okoliu). V roku 1885 bola jeho zbierka starožitností odmenená na krajinnej výstave v Budapešti diplomom. V roku 1888 daroval časť svojej umeleckej kolekcie bratislavskému Mestskému múzeu.
Na ľavom brehu Dunaja povyše mesta mal Lanfranconi vilu a rozľahlý park, ktorý zaberal celú plochu dnešnej FTVŠ a Botanickú záhradu. Možno ho považovať za úspešného človeka. Keď ho však navštívil rok pred dokončením regulácie Dunaja jeho mladší brat Luigi, našiel ho vychudnutého, špinavého, zúfalého a psychicky chorého.
Dňa 9. marca 1895 v ranných hodinách sa Grazioso Enea Lanfranconi zastrelil loveckou puškou. Pochovaný je v talianskom Varese
Je po ňom pomenovaný internát aj most v Bratislave. V Bratislave dodnes stojí jeho palác na námestí Ľudovíta Štúra, v ktorom má dnes sídlo Ministerstvo životného prostredia.